Il CISOM ha sottoscritto protocolli nazionali ed a livello locale con:
1. PROTEZIONE CIVILE
Il CISOM è parte del Sistema Nazionale di Protezione Civile italiana. Interviene a seguito di emergenze locali, nazionali e internazionali fornendo soccorso e assistenza alle popolazioni colpite. Si occupa della diffusione della conoscenza della Protezione Civile attraverso attività di formazione e informazione.
2. VIGILI DEL FUOCO
Con l’ultimo accordo viene ulteriormente rafforzata la cooperazione già esistente tra il CISOM e il Corpo dei Vigili del Fuoco che si basa sul comune lavoro per la salvaguardia ed il soccorso ai cittadini in difficoltà, sia nelle grandi emergenze che nel periodo ordinario. Formazione, supporto logistico e disponibilità nel campo psicologico e sanitario, sono tra le attività, che su tutto il territorio nazionale, vedranno reciprocamente impegnati i due Corpi.
3. MARINA MILITARE
Nel 2014, subito dopo aver sottoscritto un accordo con la Marina Miliare è iniziata la collaborazione attraverso team sanitari a bordo delle navi maggiori per il dispositivo navale “Mare Nostrum” . Alla fine dello stesso il dispositivo nazionale si è trasformato nella Missione europea “Triton”. L’assistenza a bordo delle navi della Marina Militare era dedicata al soccorso sanitario ai migranti durante le attività al largo del Mediterraneo: un medico specializzato imbarcato nel medio periodo a bordo dei dispositivi navali per il first aid. Attualmente la collaborazione si svolge attraverso progetti speciali in ambito sociale, grazie alle attività complementari della Marina Militare.
4. CORPO DELLE CAPITANERIE DI PORTO – GUARDIA COSTIERA
Dopo il primo protocollo d’intesa del 2008 il CISOM opera a bordo delle unità navali del Corpo delle Capitanerie di porto – Guardia Costiera durante gli interventi di soccorso e salvataggio nel Mar Mediterraneo. La cooperazione ha come obiettivo la promozione di attività formative inerenti reciproci compiti istituzionali, con riferimento agli aspetti legati al primo soccorso sanitario, alla conduzione di imbarcazioni, alle operazioni di sorveglianza delle coste e, all’attuazione delle sinergie necessarie per il miglioramento delle pianificazioni di emergenza nelle specifiche attività delle Capitanerie di porto. A livello locale sarà favorita la collaborazione fra gli Uffici Marittimi per promuovere la realizzazione di progetti integrati di solidarietà sociale.